Ninjutsu (忍術; Literalmente significa "Técnicas Ninjas") que refere-se à quase toda técnica e permite ao usuário fazer algo que ele seria capaz de fazer de outra maneira, incluindo o uso de armas. Diferente de genjutsu, que faz o alvo ver ilusões, os efeitos do ninjutsu são reais. Eles variam grandemente no propósito, com os ninjutsu mais simples sendo usados para tarefas como transformar o usuário ou permitindo-o desviar de ataques. Essas técnicas frequentemente são a segunda natureza de shinobi experientes, que podem usá-las à vontade. Ninjutsu mais complexos manipulam o ambiente ou utilizam elementos, respectivamente servindo a tarefas como curar os outros ou manipular transformações da natureza.